质标所是上海毒理学会饲料专业委员会和长三角农产品质量安全科技创新联盟挂靠单位，现有以下7个农业部、上海市研究检测平台：

农业部农产品质量安全风险评估实验室（上海）

农业部食用菌产品质量监督检验测试中心(上海)

农业部植物新品种DUS测试中心（上海）

农业部农药残留登记实验室（上海）

上海市农产品质量安全评价技术服务平台

上海市农产品质量安全工程技术研究中心

上海市饲料质量监督检验站

质标所现有总实验室面积约6000平方米，单独建有现代化温室设施1024平方米。拥有相关仪器设备超过300台套，其中QTOF、LC-TOF、LCMSMS、GCMSMS、UPCC、HRGC-HRMS、ICP/MS等50多台套，具备具有国家实验室认可、国家计量认证、农业部授权认可、农业部产品质量监督检验测试机构审查认可、上海市授权认可、上海市计量认证、食品检验资质认定等检测资质。