食用菌所加工技术与发酵工程研究室主要从事食药用真菌及相关农业健康资源的专用品种选育、功能性成分的挖掘和高值利用、健康产品的研发和产业化应用等方面的科技创新工作。团队学术带头人张劲松研究员为国家百千万人才，室主任杨焱研究员为上海市领军人才。研究室现有人员19人，其中研究员7人、副研究员7人，具有博士学位13人、在读博士1人。已主持承担国家科技支撑课题、国家自然科学基金、863计划、科技部农业成果转化、国际合作、农业部公益性行业专项、国家药典委等国家级和省市级60多项课题研究。获上海市科技进步一等奖1项、三等奖4项，神农中华农业科技二等奖1项，中国医药教育协会科技创新一等奖1项。申报获国家保健食品证书6个，获得灵芝新品种认定5个，猴头菌新品种2个；近10年来申请发明专利76项，获授权58项，获实用新型专利4项；发表论文292篇，其中SCI论文76篇，影响因子和超过200。基于项目研究成果，开发了十余种食药用真菌活性成分的制备工艺，建立了食药用菌中不同类别活性物质的特异性定量检测方法和多种体外活性高通量筛选模型。研究室已与德国、加拿大、美国、日本、巴基斯坦等国外研究机构建立了紧密的科研合作关系，开展了多层次的人员和学术交流工作。此外本部门已成为国内食药用菌加工技术应用基础研究、高级专业人才培养和药用真菌学术交流的重要基地，目前已与全国多所高校联合培养硕博士研究生100余人。近年来，研究室与浙江寿仙谷、福建仙芝楼、上海雷允上、如新、广州无限极、上海家化、上海春芝堂等10多个国内龙头企业建立了紧密的合作关系，为企业的发展提供技术支撑。