本学科主要瞄准国际生态农业与环境污染治理研究的科学前沿，面向我国与都市型生态农业建设、农业生态环境治理与农业绿色生产的重大战略需求，开展污染水体修复与生态治理、问题土壤修复与健康保育、农业面源污染监测与综合防治、有害生物监测与绿色防控、气候变化与绿色生产以及资源循环利用与种养模式等应用基础和应用技术研究。

近十年，研究所先后主持和参加国家及上海市项目270余项。主持或参与获得国家、部市级科技进步奖30多项，获得国家授权专利60余项，软件著作权8项，获市级审认定新品种权3项，发表论文与出版著作600余篇（部），其中SCI论文150余篇。 

生态农业与植物有害生物防控学科污染水体修复与生态治理团队获得全国工人先锋号荣誉称号，拥有国务院特殊津贴1人，全国农口先进个人1人，上海“引进海外高层次人才”千人计划特聘专家1名，上海市领军人才1名，上海市先进技术带头人1名，上海市青年拔尖人才1名，闵行区领军人才2人，奉贤区“滨海贤人”领军人才1人，奉贤滨海青年英才1人。