根据市科教党委、市教委、市发展改革委、市国资委、市科委、市经委、市财政局、市人事局和市知识产权局9部门联合下发《关于建立“上海研究生联合培养基地”的意见》（沪教委高〔2005〕55号）及其附件《关于建设“上海研究生联合培养基地”的试行办法》的要求，上海市学位委员会组织了有关专家对各单位申请建立“上海研究生联合培养基地”的材料进行了评审，在听取9部门意见基础上，并考虑其相关单位工作基础和进展情况，批准上海宝山钢铁股份有限公司等5家单位为首批“上海研究生联合培养基地”；批准上海市农业科学院等7家单位为首批“上海研究生协作培养单位”。（《上海市学位委员会关于批准宝山钢铁股份有限公司等5家单位为上海研究生联合培养基地、上海市农业科学院等7家单位为上海研究生协作培养单位的通知》沪学位〔2005〕12号）。

我院于2005年8月与上海海洋大学（原上海水产大学）组建上海水产大学农业研究院，首批聘任17名兼职教师，于2006年开始招生硕士研究生。目前，联合招收的学科专业涉及理学、工学、农学、管理学4大学科门类，涵盖水生生物学、生物化学与分子生物学、作物遗传育种、动物营养与饲料科学、临床兽医学、食品科学、计算机应用技术、环境科学、农业经济管理9个二级学科。联合招收的研究生前1.5学期在上海海洋大学进行课程学习（包括公共学位课、专业学位课及部分选修课），第二学期6月底前进入上海市农科院进行论文研究工作。

上海市农业科学院现有 35名研究员， 6 名副研究员被上海海洋大学聘为硕士生导师，至今已招收硕士研究生7届共128人，毕业学生5届共61人，目前在院实习的2011、2012级学生49名。上海市农业科学院定期邀请国内外知名学者专家来院举办讲座，开阔学生的视野，拓宽科研思路，鼓励学生创新。上海市农业科学院为研究生提供了良好的生活条件，建有宽敞明亮、设施配套的研究生集体宿舍，并向研究生开放华漕院区、奉浦院区职工文体中心。

另外，我院2012年与上海交通大学合作建立“上海交通大学农科教合作人才培养基地”，与南京农业大学、华中农业大学、扬州大学等高校也建有长期合作培养研究生关系。随着上海农业科学联合招生规模的扩大，我院为学生提供的科研及食宿等条件也将得到进一步完善。