为解析奶牛甲烷排放差异化微生物调控机制，研究团队筛选出甲烷排放量高和低的荷斯坦奶牛作为试验动物，并收集其瘤胃液进行深度宏基因组分析。结果表明，高排放组奶牛瘤胃中与淀粉降解、乙酸生成相关的菌群富集，而低排放组则富集乳酸生成菌、产丁酸菌及同型产乙酸菌，这些菌群通过与产甲烷菌竞争氢，减少了甲烷生成。此外，高排放组纤毛虫原生动物丰度显著更高，且甲酸代谢和乙酸分解产甲烷通路被上调。产甲烷古菌内部存在复杂的负向互作网络，优势产甲烷古菌甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）与其他11种产甲烷菌呈负相关关系，提示针对单一菌种的减排策略可能因菌群间的补偿竞争而效果有限。

该研究系统阐明了奶牛瘤胃中“细菌—原生动物—产甲烷古菌”协同调控甲烷生成的机制，为开发基于微生物组调控的奶牛甲烷减排策略提供了全新理论依据与功能靶点。

上海市农业科学院畜牧兽医研究所贾鹏助理研究员为论文第一作者，中国农业科学院饲料研究所屠焰研究员和刁其玉研究员为论文共同通讯作者。本研究得到国家“十四五”重点研发计划项目支持。