作物育种栽培研究所水稻中心在农业和生物科学领域主流期刊Ricescience(二区，IF=3.162)刊发了题为“A New PCR/LDR-Based Multiplex Functional MolecularMarker for Marker-Assisted Breeding in Rice”的研究论文。

随着基因组学和分子生物学技术的发展，SNP芯片、基于二代测序的基因型鉴别技术（genotyping-by-sequencing，GBS）等高通量的分子标记技术被开发出来。这些高通量的技术平台在不同遗传材料间SNP位点的发现、农作物育种过程中遗传背景的选择以及全基因组范围的关联分析等研究领域具有极高的应用价值。然而这些高通量的技术平台由于成本较高，实验操作较为复杂，很难在农作物的分子标记辅助育种过程中使用。

在作物的分子标记辅助育种实践中，一般使用几个根据实际育种目标关注的与重要农艺性状相关的功能基因的功能性多态位点，设计相应的基于PCR技术的分子标记，进行遗传株系的辅助选择。

PCR/LDR技术先通过多重PCR(Multiplex PCR)获得含有待检测突变位点的基因片断，然后进行多重LDR(Multiplex LDR)，最后通过测序仪电泳读取检测结果。这一技术在遗传疾病的诊断、病原微生物的检测方面已经得到了广泛的应用。

在该研究中，该团队设计了一个多重的PCR/LDR功能性分子标记，可用于同时检测水稻中氮高效基因NRT1.1B-indica、耐低温基因COLD1^jap,耐高温基因OgTT1、软米基因Wx-mq和香味基因badh2-E7的基因型。并且验证了该标记与检测的5个目的基因的基因型完全共分离。该研究成果为水稻，以及其它农作物的分子标记辅助育种提供了一种方便、快捷、精确的分子标记检测手段，在农作物的分子标记辅助育种工作中具有广泛的应用价值。

本文第一作者为储黄伟副研究员，曹黎明研究员，程灿副研究员为该文的通讯作者。本研究得到了国家科技部重点研发项目(2016YFD0101106),上海市技术带头人(18XD1424300)和上海市水稻产业体系(201903)等项目的资助。