作物所玉米研究中心郑洪建团队在Genetic Resources and Crop Evolution发表了题为“Genetic diversity and population structure of popcorn germplasm resources using genome-wide SNPs through genotyping-by-sequencing”的文章。

爆米花是一种休闲食品，在我国已有近40年的种植历史，但对其遗传多样性的研究相对较少。我们使用单核苷酸多态性（SNP）对103个爆裂玉米种质进行了遗传多样性和种群结构分析，其中包括来自拉丁美洲的10个地方品种、来自中国西南的8个地方品种、来自中国的76个爆裂玉米育种自交系以及9个来自美国的商用爆裂玉米自交系。 SNP通过简化基因组测序（GBS）分型。

在整个基因组中共鉴定出 40,120 个高质量 SNP（每 1Mb 含 19.21 个 SNP）。根据用于育种的亲本遗传背景，群体结构分析、邻接聚类和主成分分析，可以将 103 个材料分为三大类。 第一组由来自中国和拉美国家的地方品种和地方种改良的自交系组成，而第二组和第三组由主要由爆米花商业品种开发的品系组成，但具有不同程度的爆裂扩展能力。在 r2 < 0.1 下，整个面板的平均连锁不平衡 (LD) 衰减距离为 0.28 Mb，并且在不同组之间存在差异。

遗传多样性和群体结构在玉米育种工程中非常重要。本研究利用基于GBS的SNP标记对不同机构采集的爆裂玉米种质资源进行评价。优良的爆裂玉米自交系可以与地方品种区分开来。地理区域不能作为爆米花育种和改良的参考。中国爆米花地方品种与CIMMYT收集的拉丁美洲爆米花地方品种具有相似的聚类结果。本研究结果可为爆米花育种中杂种优势群的分类提供重要信息。后续研究可以加强对爆米花自交系的探索，以识别不同的爆米花杂种优势群体。