上海市农业科学院林木果树研究所成立于2002年7月，与作物所合署办公。前身为园艺所的果树和花卉研究室，于2011年3月独立办公。所学科领域由果树和花卉两大部分构成。所部拥有上海市设施园艺技术重点实验室、分子生物学与品质鉴定实验室、上海市植物种苗组培专业技术服务平台以及现代植物工厂研发平台。综合研究实力雄厚。共享实验室配备超高效液相色谱质谱仪（HPLC-MS）、电子鼻、电子舌和质构仪等设备，建立了较为完善的水果花卉品质测定试验平台。另有便携式光合仪、快速叶绿素荧光检测仪、荧光定量PCR仪、核酸/蛋白质电泳及成像系统、控温摇床、光照培养箱、荧光酶标仪、荧光显微镜等分子生物学常用仪器及设备，完全能够满足果树花卉遗传育种、栽培生理相关生理生化和分子生物学试验需求。

专家队伍：林果所现有1名国家桃产业技术体系岗位科学家，1名国家葡萄产业技术体系上海综合试验站站长，2名上海市现代农业（果业和花卉）产业技术体系首席专家；1人入选上海市领军人才。

主要成果：主持获得国家发明奖1项，上海市科技成果奖21项（其中一等奖1项，二等奖6项）。育成桃、葡萄、梨、草莓、枇杷等果树新品种18个。‘沪油018’（油桃）、‘锦绣’、‘锦园’、‘锦香’、‘锦花’（‘锦’字系列黄桃）通过国家审定，拥有国内首个胚挽救技术培育的无核葡萄品种‘沪培1号’，和南方地区自主培育的第一个大粒葡萄品种‘申丰’，优质早熟砂梨品种‘早生新水’。花卉学科主持获得中国花卉博览会金奖1项，银奖1项，铜奖2项。