上海市农业科学院畜牧兽医研究所前身是成立于1952年的华东农林部上海市立兽医院，1960年改为现名。主要从事家畜家禽健康养殖、遗传育种、疫病防治诊断技术、兽用生物制品研发等方面的研究工作。

研究所下设五个研究室（中心）：动物营养研究室，动物遗传育种研究室，动物生物制品研发中心，动物基因工程研究室及动物疫病预防研究室；两个专业期刊编辑部：《上海畜牧兽医通讯》、《国外畜牧学——猪与禽》编辑部；两个成果转化实体：上海佳牧兽用生物制品有限公司、上海申丰畜牧兽医科技有限公司；三个科研、实验基地：上海白猪种猪场、黄羽肉鸡种鸡场及白山羊种羊场。

研究所现有职工90名，其中博士28名，硕士28名，正高职称14人，副高职称24人。国家农业产业体系水禽岗位科学家1人,蛋鸡岗位科学家1人。建所以来已获得120余项科技成果，其中50余项荣获国家、部、市级科技成果奖；先后获得国家新兽药证书3个，授权国家发明专利10个，转基因安全证书1个，制定国家和地方标准3个；先后育成了我国第一个黄羽肉鸡品种新浦东鸡，地方品种上海白猪（农系），瘦肉型鸭配套系芙蓉鸭；诞生了国内第三例克隆猪。国家农业产业体系肉鸡、蛋鸡和水禽三个试验站也落户我所。

      研究所1987~1988年度被上海市人民政府授予“上海市文明单位”称号，“八五”期间进入全国农业科研开发综合实力百强研究所行列，2011年被授予“上海市平安单位”称号。

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