食用菌遗传工程研究室以食药用菌为研究对象，综合运用分子生物学、遗传学、生物化学、合成生物学和生物信息学等学科的研究方法，定位控制农艺性状的功能基因，解析次生代谢产物的分子基础，为创制环境友好型、健康友好型和消费友好型食药用菌新品种提供技术手段和科学基础。
    目前开展的研究工作主要包括以下四个方面：

第一、食药用菌资源遗传多样性研究。构建食药用菌栽培和野生种质资源库，并通过挖掘组学数据，阐明食药用菌在生物演化、种群发育和菌种育成等方面的规律，为资源保护与可持续利用提供科学基础。

第二、食药用菌重要功能基因的挖掘。重点分析降解木质纤维素基质相关基因的功能、低温刺激应答的分子机制、交配型系统的分子基础和调控机制、光诱导在子实体发育过程中的分子调控机制。

第三、食药用菌活性代谢产物的分子基础以及合成生物学研究。重点分析真菌免疫调节蛋白结构与功能的关系，解析小分子次级代谢产物的合成途径，并对代谢途径进行重新编程和高效适配，设计和构建天然和非天然产物的细胞工厂。

第四、食药用菌的遗传操作技术研发。运用PEG介导、电转化、农杆菌介导、基因枪等转化方法，构建高效、安全、成熟的重要食药用菌遗传操作系统和基因编辑技术体系。